Univerzitetska biblioteka započela je digitalizaciju svog bogatog fonda rukopisa 2008. godine, a prve digitalizovane zbirke obuhvatile su ćirilske i orijentalne rukopise. Na portalu su dostupni i rukopisi digitalizovani u okviru međunarodnog projekta „Biblioteke Europeane” (Europeana Libraries), u kojem je Biblioteka učestvovala tokom 2011. i 2012. godine, a kojima se može pristupiti i preko portala Europeana.
Tokom pomenutog projekta digitalizovana građa je organizovana u dve grupe – rukopisi i knjige – sa potkategorijama i minimalnim setom metapodataka, linkom ka punom zapisu u COBISS-u i mogućnošću preuzimanja dokumenta.
Zbirka ćirilskih rukopisa obuhvata rukopise nastale od XIII do XVIII veka, među kojima su jevanđelja, psaltiri, mineji, molitvenici, ali i značajni svetovni tekstovi poput Dušanovog zakonika i spisa o Kosovskom boju. Posebnu celinu čini Ćorovićeva zbirka sa 39 digitalizovanih dokumenata. Zbirka orijentalnih rukopisa sadrži više stotina dokumenata na arapskom, osmanskom i persijskom jeziku, od kojih najstariji potiče iz 1206. godine. Rukopisi obuhvataju oblasti prava, istorije, književnosti, filozofije i drugih disciplina i predstavljaju dragocen izvor za proučavanje kulturne i naučne baštine.