Универзитетска библиотека у својим фондовима има преко 30 посебних библиотека, које се чувају као засебне целине. Оне су веома различите по величини и значају, али представљају велику вредност, како по садржају, тако и као сведочанство о личностима којима су припадале.
Међу најзначајнијима су Библиотека Јоце Вујића, једна од најбогатијих збирки за проучавање српске националне и културне историје, Библиотека Гедеона Дунђерског са вредним књигама из историје и књижевности, Библиотека Мирослава Премруа са старим и ретким књигама о ренесанси и реформацији, као и Библиотека Димитрија Митриновића, која обухвата дела из филозофије, етнологије и уметности. Посебно место заузима легат Исидоре Секулић, који поред књига и рукописа обухвата и личне предмете, намештај и уметничка дела, а њена спомен-соба налази се у читаоници Одељења реткости.