Univerzitetska biblioteka u svojim fondovima ima preko 30 posebnih biblioteka, koje se čuvaju kao zasebne celine. One su veoma različite po veličini i značaju, ali predstavljaju veliku vrednost, kako po sadržaju, tako i kao svedočanstvo o ličnostima kojima su pripadale.
Među najznačajnijima su Biblioteka Joce Vujića, jedna od najbogatijih zbirki za proučavanje srpske nacionalne i kulturne istorije, Biblioteka Gedeona Dunđerskog sa vrednim knjigama iz istorije i književnosti, Biblioteka Miroslava Premrua sa starim i retkim knjigama o renesansi i reformaciji, kao i Biblioteka Dimitrija Mitrinovića, koja obuhvata dela iz filozofije, etnologije i umetnosti. Posebno mesto zauzima legat Isidore Sekulić, koji pored knjiga i rukopisa obuhvata i lične predmete, nameštaj i umetnička dela, a njena spomen-soba nalazi se u čitaonici Odeljenja retkosti.